浙江体育职业技术学院3月30日晚间对媒体发出了一份通告，称孙杨在澳大利亚训练期间所受右脚跖骨骨折伤势尚未痊愈，为了防止再次受伤，他将缺席即将于4月3日开幕的全国游泳冠军赛暨里约奥运会选拔赛。3月31日记者从国家游泳队教练组确认了这个消息。但即便不出席本次赛会，孙杨获得里约奥运会的参赛资格基本不会受到影响。
孙杨1月底在澳大利亚集训期间意外受伤之后，经过两个月的积极治疗，右脚骨折部分已经痊愈，但孙杨不同于普通人，他是肩负着为国争光重大使命的重量级运动员，因此这次受伤对他的影响非常大，海外训练的效果很不理想。据国家游泳队教练组成员对北青报记者透露，“孙杨以退为进资格无忧。练得不太好，主要是意外骨折带来的日程耽搁，无法按照原定计划和要求完成任务，这也是没有办法的事情。与此前多次赴澳训练的效果无法相比。”浙江体育职业技术学院给出的官方说法是：目前孙杨的脚部受伤部位还有局部水肿、腱鞘积液等情况，仍不能承受大强度运动的冲击。为避免骨折初愈部分再次受到损伤，经多名医学专家检查并作出建议，孙杨将不参加即将在广东佛山举行的全国游泳冠军赛暨奥运会选拔赛，将选择继续在杭州训练，全力备战里约奥运会。目前，孙杨每天正常训练，训练水平正在逐渐恢复，伤脚在转身、蹬边时还有一定的影响。
按照惯例，在达到奥运会参赛标准的基础上，只有在游泳国内奥运选拔赛上获得各单项前两名的选手，才有机会代表中国游泳队赴里约参赛。因此孙杨是否会因为错过选拔赛而失去奥运会参赛资格，是很多泳迷非常关心的话题。不过据北青报记者了解，在特殊情况下，最终的各项目参赛名单还将会参考选手过往的战绩来确定，这在每年上半年的全国冠军赛上都是惯例，无论它是奥运会选拔赛还是世锦赛选拔赛。因此以孙杨的实力，只要不出现非常大的意外，他将入选中国奥运代表团。只是孙杨在里约奥运会上的成绩前景变得越发难以预测，一切将取决于他未来4个月的伤势恢复和训练情况。
