4月3日21点，2019中国足协杯第3轮抽签仪式在上海举行。经过抽签，共有4场比赛是中甲球队之间的对抗，石家庄永昌VS呼和浩特、梅县铁汉生态VS浙江绿城、陕西大秦之水VS新疆雪豹纳欢、南通支云VS长春亚泰。辽宁沈阳宏运、梅州客家抽得上签，主场迎战中乙球队。足协杯第3轮比赛将于4月16-18日进行。
和以往相比，本届足协杯进行了重大改革，参赛球队由去年的72支扩军至96支；抽签方式将不再实行落位抽签，而是全面无序混合抽签；黑马奖今年将分设金、银、铜奖……
首先，2019中国足协杯参赛队伍将达到96支，实现第四次扩军，业余和中乙联赛球队各有32支球队参赛。其次，增加混合抽签：全面实现混合无序抽签，增加不确定性及看点，每轮都将出现焦点战。第三，扩大单场淘汰的范围：除决赛外，每轮均为单场淘汰，提升赛事的激烈程度，增加赛事看点。第四，增设黑马金银铜奖：各级别球队都有机会争夺黑马奖。赛事主办方为业余、中乙、中甲三个级别的球队分别设置了黑马奖项。
首轮比赛32支中乙球队中有24队晋级，次轮比赛13支中乙球队+3支业余球队晋级。效力于上海上港的国门颜骏凌、上海绿地申花的国奥小将蒋圣龙出任抽签嘉宾。经过第3轮的抽签，共有4场中甲球队相互厮杀，分别是：石家庄永昌VS呼和浩特、梅县铁汉生态（广东华南虎）VS浙江绿城、陕西大秦之水VS新疆雪豹纳欢、南通支云VS长春亚泰。
中甲球队从第3轮开始介入，中超球队直接入围第4轮。第3轮比赛时间为4月16-18日，第4轮比赛时间为4月30日-5月2日，决赛两回合将于11月1日、12月6日举行。若有亚冠等其他赛事冲突，中国足协还为决赛配备了两个备用开赛时间，即10月31日、12月7日。
